Organisaatio
Luottamushenkilöorganisaatio
Kunnan luottamushenkilöorganisaation muodostavat kunnanvaltuusto, kunnanhallitus ja lautakunnat. Ne on esitelty kohdassa päätöksenteko.
Kunnanjohtaja
Kuntaorganisaation toimintaa johtaa ja kehittää kunnanjohtaja. Kunnanjohtaja on kunnanhallituksessa käsiteltävien asioiden esittelijä. Kunnanjohtajan päätösvalta on tarkemmin määritelty kuntalaissa ja hallintosäännössä. Mynämäen kunnanjohtaja on Carita Maisila.
Palveluorganisaatio
Kunnan palveluorganisaatio muodostuu seuraavista toimialoista. Niitä johtavat toimialajohtajat.
- sivistyksen toimiala, sivistysjohtaja Susan Porkka
- teknisen toimiala, tekninen johtaja Jaakko Kurvinen
- hallinnon toimiala, hallintojohtaja Marja Kärkkäinen
Mynämäen kunnan operatiivista toimintaa johtaa kunnan johtoryhmä. Johtoryhmän puheenjohtaja on kunnanjohtaja ja jäseninä hallintojohtaja, sivistysjohtaja sekä tekninen johtaja. Lisäksi johtoryhmän kokouksiin osallistuu tarvittaessa kunnan muita viranhaltijoita. Johtoryhmällä ei ole laeissa tai hallintosäännössä määriteltyä päätösvaltaa.
Kuntakonserniin kuuluvat Mynämäen Vesihuolto Oy, jonka toimitusjohtaja on kunnan työpäällikkö, sekä Mynämäen YritysVoima Oy, jonka toimitusjohtajana toimii elinvoimajohtaja.